从植物学的发展来说，可以划分为若干阶段，从整体上看，其途径主要是由实用向纯科学方面发展。第一阶段即实用阶段，其历史较长，可以说从上古直到明清之际部属于这一阶段。植物学知识主要见于历代本草学著作、农学、园艺及疏菜等著作中。随着人们对各种植物的认识愈来愈深刻，到明清时期已开始向第二阶段即科学研究的方向发展。吴其濬《植物名实图考》的出现，正标志着这一重要阶段的开始，即从本草学的附庸，逐步走向独立的阶段，因而它在中国植物学史上占有重要地位。
　　
    刻的版本有清光绪六年(1880)山西浚文书局版本，l915年云南图书馆重印本，l9l9年山西官书局重印本，l919年商务印书馆铅印本，l957年商务印书馆校勘本和1963年中华书局重印本等。
　　
    《植物名实图考》的问世，推动了植物学、本草学的研究和发展。学术界对此书作了高度评价。德国人E．毕施奈德(Brelschneider)在所著《中国植物学评论》(1870)中说其附图“刻绘极为精审”，“其精确者往可以鉴定科和目”，有些还可以鉴定到“种”。“欧美植物学者研究中国植物学必须一读《植物名实图考》”。所以毕施奈德还选了其中蜀黍、梁、薯预、苘麻、商陆、佛手柑、铁果树、椰子等8幅图重雕，用连史纸拓印，附在《中国植物学文献评论》一书末。并参照新鲜植株将根、茎、叶、花、果描绘出来，使人清楚地观察出该植物的形态特点。日本在明治维新以后，虽然提倡学习西方科学，但对具有科学价值的《植物名实图考》，仍然十分重视。明治十七年(1884)，日本初次重刻，伊藤圭介评论为“辨论精博，综古今众说，析异同，纠纰缪，皆凿凿有据。图写亦甚备，至其疑似难辨者，尤极详细精密”。以后日人松村任三编著《植物名汇》和牧野太郎著《日本植物图鉴》时，多数植物的中名是以《植物名实图考》一书为依据的。l9l9年商务印书馆在铅印《植物名实图考》时，西欧学者竞相争购。美国B．劳弗(Laufer，)、F．D．米瑞(Merrill)和E．H．沃克(Walker)等人的著作对《植物名实图考》也有所援用和推重。世界上许多国家图书馆收藏此书。以上足以说明《植物名实图考》对世界学术界的影响。在国内，不但为药用植物、生药学研究打下了基础，对中国植物分类学的研究也有重要意义，许多现代植物分类学者考虑植物中名时，往往要参考它。如植物学家裴鉴、周太炎编著《中国药用植物志》时，引用了《植物名实图考》中的植物70多种。除根据该书的附图鉴别一些植物的科属乃至种名外，不少植物的中文定名也是以此书为依据的。现在我国植物分类研究中，以《植物名实图考》中名称为科名、属名的很多，如八角枫科(A1angiaceae)、水龙骨科(PolyPodiaceae)、金莲花科(Tropaeo1aceae)、瓶尔小草科(Ophioglo ssaceae)、粟米草科(Mo11uginaceae)、大血藤科(Sargentodoxaceae)，以及千张纸属(Orozylonvent.)、马甲子属(Paliurus Mill)、画眉草(Eragrostisbeauv)、山梅花属(Philadelphus L.)、小二仙草属(Haloragis forst)、千日红属(Qomphrena L.)等等。
　　
   《植物名实图考》也存在一些缺点和不足之处。由于受时代条件限制，吴其濬的思想没有脱离封建士大夫阶层的范畴，反映在他的著作中，在描述植物形态、性味、用途时，往往加入一些陈腐议论，借题发挥他的政治见解以及修身处事的道理，这些又与植物本身毫无关系。对有些植物的认识也有错误，如把卫矛科的雷公藤误认为木兰科植物的莽草；将蓼科的虎丈误认为毛莨科的黄药子。又有的为一种植物而他却将之分为两类；甚至名称相同的条目前后重复。虽然据本书的大部分图可以鉴定植物，但也有一部分图转绘自《证类本草》、《救荒本草》及《本草纲目》等书，都未加考证。在植物种类上，也有一些常见的植物种类如竹叶、翘根、屈草、苹果未收录入书。这为当时科学水平所限，以及作者早逝而由不懂植物学的人进行校刊有关。然瑕不掩瑜，吴其濬的《植物名实图考》在植物学上所取得的成就仍是主要的，它是一部具有世界影响的专著。
　　
    2.在矿物学上的成就
　　
    除植物学方面的贡献外，吴其濬还对矿产进行了深入的调查和研究，并著有采矿方面的专著《滇南矿厂图略》。此书由他编纂，徐金生(东川府知府)绘辑。根据严中平《清代云南铜政考》序推测，此书成书于道光二十四至二十五年(1844—1845)间。主要介绍云南东川铜矿和其他矿产的一部著作。全书分上、下卷。上卷为《云南矿厂工器图略》。包括工器图20幅、次滇矿图略、下引第一、硐第二、硐之器第三、矿第四、炉第五、炉之器第六、罩第七、用第八等。书后附宋应星《天工开物》(节录五金第十四卷)、王崧《矿厂采炼篇》、倪慎枢《采铜炼钢记》、《铜政全书•咨询各厂对》。下卷名《滇南矿厂舆程图略》，有全省图l幅，以及府、州厅图21幅，下为滇矿图略，其下再分各种矿产、运输等。
　　
    记述云南矿厂的书，比吴其濬早的有成书于嘉庆四年(1799)由檀萃撰著的《滇海虞衡志•金石篇》和不知成书年代和撰著人的《铜政便览》八卷。在《滇南矿厂图略》成书l00年之后，又有1948年严中平著的《云南铜政考》和l948年周钟岳总纂的《新修云南通志稿》。檀萃和周钟岳的著作仅记载铜矿。檀萃虽涉及其他矿种，但较简略。《新修云南通志稿》中矿产、矿物两类所记学名，与当时当地称谓不尽符合。所以详细记载清康熙至道光朝云南铜、银、金、锡、铅、铁等矿产的产地、产状、找矿、采矿、洗选以及开凿窿道所用的工具，矿井中的主要设备等，以吴其濬的《滇南矿厂图略》最全面。当然是以介绍铜矿为主。吴其濬在《滇南矿厂图略》中详细记录了云南铜矿的分布、铜矿床的情况和找矿、采矿技术。
　　
    关于铜矿的分布 从易门县的万宝厂到元江县的青龙厂，共33个厂。其中以汤丹、碌碌、宁台3个铜厂最大，产量又高。汤丹厂自明代开采，乾隆初产铜最多。有九龙箐厂、观音山厂、聚宝山厂等子厂。现在我国正在开采的六大铜矿山之一的云南东川铜矿，就仍以汤丹老窿为中心，进行深井开采。碌碌铜厂，在会泽县西，距郡160里，一名落雪山，亦属东川知府管辖。旧属四川，雍正四年(1726)改属云南时开采。有龙宝山厂、兴隆厂、多宝厂等厂子。
　　
    汤丹厂与碌碌厂的铜，当时都是运送北京的。宁台厂，在顺宁东北520里，初为小厂，继获小泄厂、芦塘厂，发脉于永昌府的宝台山，产矿丰富，仍称宁台厂。上述汤丹、碌碌、宁台3个铜厂，在乾隆年间(1736—1795)所规定的年产额，都在l00万斤以上，为当时其他各厂所不及。云南不仅产铜，也产银、金、锡、铅、铁等矿产。云南金银矿的开采，多数在乾隆四年(1739)以后，少数矿厂是开采铜矿时发现金、银而附带开采的。这些在其他书中不载或很简略，而《滇南矿厂图略》却作了详细记录，所记载的有金厂四、锡厂一、铅厂四、银厂二十五等。
　　
    关于铜矿床的性状 《滇南矿厂图略》记载的滇铜。属“康滇